2016年11月30日 星期三

.IBM 辨識癌變細胞技術取得重大突破,用深度學習與神經網路重塑病理學

IBM's Breakthrough: Watson May Help Beat Cancer


leiphone 作者:sunshine_lady

IBM 最近在醫學領域成果喜人,動作不斷。繼成功用照片診斷皮膚癌後,IBM 研究院日前發佈最新成果稱,他們採用了深度學習和神經網路,在辨識癌變細胞的有絲分裂上,取得了巨大進展。

醫生在診斷癌變細胞時,主要通過用活組織切片檢查法,分析病人組織樣本的方式。然而即使這些組織有時如針頭般微小,病理學家需要從中檢測出,腫瘤細胞消失的種種跡象,也要觀測出癌變細胞出現的重要特徵,以幫助醫生對症下藥。

病理學家在分析樣本時,會將一些典型的組織樣本用試劑溶液進行著色標記。結果顯示,試劑顏色的深淺,及其在細胞組織內的分布情況,能夠區分疾病的種類,及疾病的惡化程度。

IBM识别癌变细胞技术取得重大突破,用深度学习与神经网络重塑病理学
2016年腫瘤擴散評估挑戰賽的乳癌細胞訓練樣本

病理學家隨後要在顯微鏡下,研究這種被標記的組織樣本。然而此階段耗時長且工作量巨大,研究人員每天都要處理上百份樣本,而這樣長時間的高負荷工作,難免會導致診斷正確率的降低。

隨著近代醫學影像技術,及深度學習的發展,病理學家們亟需電腦技術的援助,而電腦科學家們也在為之不懈努力。為了驗證人工智慧技術在醫療領域中的應用效果,科學家們組織了一場駭客馬拉松挑戰賽。

幾個星期前,在烏德勒支大學醫學中心、艾因霍芬技術大學、貝斯以色列女執事醫療中心,和哈佛醫學院的支持下,主辦方在希臘雅典進行舉辦了「腫瘤擴散評估挑戰賽」(Tumor Proliferation Assessment Challenge,TPAC),作為 2016 年的 MICCAI 國際會議的一個分會活動。

來自全世界各地的 159 支團隊,在活動開展的首日爭分奪秒地,下載醫學院提供的500張乳腺癌細胞圖像。作為訓練樣本,該數據集超過了 50000*50000 像素的解析度。誠然,這場挑戰賽是一場鏖戰,直到比賽結束的鐘聲敲響,也只有14支隊伍提交了結果。


其中一支隊伍來自 IBM 瑞士實驗室,和 IBM 巴西實驗室。這支藏龍臥虎的國際隊伍由法國人,匈牙利人和希臘人組成,共同參與了這界「基於自適應算法的有絲分裂檢測難題」挑戰賽。競賽長達數月,經歷了整整一個夏天,但是付出終有回報。他們在本次比賽中一舉獲得第二名,與第一名只差了 0.004 分。

IBM识别癌变细胞技术取得重大突破,用深度学习与神经网络重塑病理学

IBM研究員Erwan Zerhouni、Maria Gabrani與David Lanyi使用深度學習與神經網路,解決癌症中的難題

「人工辨認細胞的有絲分裂,是一個極其棘手的工作,既然如此,那就交給電腦來解決吧」,David Lanyi 如是說。他在 IBM 工作之前曾在蘇黎世理工學院,從事深度學習領域的有關研究。

「在今年 7 月,我們開始,通過基於神經網路的深度學習算法,進行對組織樣本的特性進行訓練。訓練的主要工作是尋找,陰性和陽性組織樣本的細微差別。在經過一段時間的訓練後,機器學習的效果顯著。」 

Erwan Zerhouni 提道,「在五年前這幾乎是一項不可能完成的任務。目前,算法診斷一幅 5600*5600 的圖片需要一個小時,在後續的研究中我們可以不斷對其進行優化,從而將時間成本壓縮到 20 秒以內,同時可以診斷任一種類型的癌症。」

「我們設法結合 MICCAI 最新的深度學習技術,來一起迎接針對組學數據(包括基因組學和蛋白質組學)的深入分析,為病人提供更精準的醫學診斷。」來自IBM巴西實驗室,並參與了這一挑戰賽的 Matheus Viana ,時常在思索這一項目的未來發展。同時,這支團隊正準備與 IBM 海法實驗室的研究人員,共享乳癌成像分析的研究結果。


癌症僅僅是 IBM 公司在醫療圖像領域,研究的一類疾病。 

IBM 會員兼醫學圖像領域專家 Tanveer Syeda-Mahmood 博士瞭解到該團隊的進展計劃,並計劃與其協作研究,意將深度學習方法引入醫學篩研究領域。

這對放射學與心臟病學的研究頗有裨益。類似地,在視覺疲勞的研究中,藥理學、病理學的專家們經常遇到類似的挑戰。Syeda-Mahmood 的研究成果,將在近期北美放射學會的年會上展出。

via IBM research

                                                                                                                                                                                                                            


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